在中国通用航空公司撤出山西前后，长治机场从中国通用航空长治分公司改编为中国通用航空河北分公司。随着中国通用航空公司河北分公司正式迁往石家庄，长治机场又缩编为中国通用航空河北分公司长治航站。
年11月10日，中国通用航空公司与中国民航山西省管理局正式分离。分离后的中国通用航空公司被中国东方航空（集团）公司兼并，整合为东方通用航空公司，基地从太原迁驻天津。长治航站移交给民航山西省管理局。而此时的民航山西省管理局属国家民航局垂直管理。
在年底，国家撤销中国民航山西省管理局建制，长治机场随原民航山西局所属太原机场、大同机场留守处移交给山西省政府组建的山西省民航管理局（山西民航机场集团公司）属地管理。
２０００年６月底由于长治机场跑道风化，设施落后，无法保证正常飞行，被迫停航。在长治市政府支持下，通过两年多的努力，长治机场复航改造工程于２００２年６月６日正式破土动工，对长治机场跑道，助航灯光和候机楼进行了改造，当年１２月１５日竣工。长治机场年实现复航。年，扩建候机大厅。
在年，在山西各地市建设机场大背景下，晋城建设机场呼声高涨。为避免重复投资造成的浪费，时任山西省常务副省长李小鹏提议长治和晋城联合共建机场。于是长治和晋城开始了长达六年的联合选址工作，随着迁建选址工作深入，由于对机场建设需求差异和选址与资金筹措等各方面异议因素影响最终分道扬，在年经省政府批准后两市放弃了共建，长治启动了机场改扩建，不再提王村机场迁建，而晋城也独自开始了晋城机场筹备。随着后来的太焦高铁东线方案的采取，让规划中的南仙泉机场用地变更为高铁用地，意味着长治机场搬迁已彻底放弃。
新航站楼建设年5月王一新副省长出席了长治机场改扩建座谈会，几个月后省政府批复同意了长治机场就地改扩建。随后在年、年长治机场先后进行了航站楼、飞行区等建筑物和设施改扩建。为进一步满足未来五年机场人流需求，在年又开工进行设计万吞吐量的航站区建设。
长治机场的屡次改扩建也暴露出规划前瞻性的不够，机场规划容量偏低，结果出现了才改造完成就不得面临再扩建的窘境。而势在必行的扩建，又不可避免形成建设性的重复浪费。
一个明显的现象就是当年才改造完成就达到了设计最大的客流吞吐量造成发展空间不足，不得不把再扩建提上日程。这种对机场发展判断性失误，不仅来自视觉中让人吐槽的狭小航站楼，更来自铁路落后造成的出行需求使机场年人流量也严重超过了当初改造设计的年吞吐量。
作为国内建设较早的机场，原本处于城市边缘地带，随着城市的发展和扩张反而被城市包围，彼此都制约着相互的发展。虽然机场周围的村庄都列入长治高新区总体规划，但随着机场设计年吞吐量为万人的改扩进行中，近年整体拆迁的可能性为零。
航站楼正面在未来太焦高铁投入运行后，长治人的出行将更加便捷。无论是航空还是高铁之间的驳接更为畅通，毕竟机场南侧距离高铁站也不过三四公里。在高铁便利的挑战下，再加上兄弟地市晋城也在倔犟的创造条件上马机场建设，长治机场自身发展条件已经受到制约，想突破也只有开设航空口岸增加国际航班。但这意味着飞行等级提高和净空控制的越发严格，对长治城市北部发展规划是一个充满挑战的课题。。
无论怎么样，家门口的机场便捷了每一个人，也为这座城市增辉添彩。毕竟，早在多年前，每个外乡人都惊叹于这个太行山间的北方普通地市竟然还有南方发达地区地市都少见的民航机场，从而对这座小城刮目相看。机场从来都是这座城市的加分项目，未来何处何从注定是牵扯着每一个长治人。
附：
年，旅客吞吐量39万人次。
年，旅客吞吐量41万人次。
年，旅客吞吐量50万人次。
年，旅客吞吐量57万人次。
年，旅客吞吐量62万人次。
年，旅客吞吐量61万人次。
年，旅客吞吐量74万人次。
年，旅客吞吐量55万人次。
年，旅客吞吐量69万人次。
年，旅客吞吐量86万人次。